DPUC

¡Extienda sus predicciones de Pfam sin perder precisión usando el contexto de dominios!

Búsqueda de predicciones

Busque entre nuestras predicciones de dominios en doce organismos (seis especies de Plasmodium [P. falciparum, P. vivax, P. knowlesi, P. chabaudi, P. berghei, P. yoelii], Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Saccaromyces cerevisiae, Escherichia coli, y Mycobacterium tuberculosis.), y vealos gráficamente, organizados por ortología. Busque usando el identificador (ID) de proteina, nombres y accesiones de dominio (Pfam, SMART, y Superfamily), o palabras clave.

Baje predicciones

Obtenga nuestras predicciones de dominios y términos GO en texto sencillo en los doce organismos prueba de nuestra publicación.

Búsqueda en secuencias

Esta forma ejecuta nuestra búsqueda dPUC por dominios de Pfam en sus secuencias de preferencia.

Ya que dPUC tiene que correr HMMER2 en sus secuencias, el tiempo aproximado de espera es de ~3 minutos por secuencia (el tiempo extra de ejecución de dPUC después de HMMER es típicamente menor a 1 segundo). Se le enviará una liga a sus resultados cuando la ejecución esté completa. Esta búsqueda está limitada a 50 secuencias a la vez, y las secuencias adicionales serán ignoradas. Si desea hacer predicciones en más secuencias, considere bajar nuestro código fuente y haga sus predicciones en su propia computadora, o contáctenos (correo arriba) y puede que le complazcamos su petición.

Código fuente

Baje nuestro código fuente Perl, en un archivo tar compreso con gzip.

Cita

Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, and Mona Singh. Using context to improve protein domain identification. BMC Bioinformatics 2011, 12:90. 2011-03-31. Pubmed Artículo