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Información personal

• Nombre. Nótese que el apellido materno se utiliza sólo en documentos mexicanos y no en los americanos. Favor de ver Costumbres de Nombramiento en Español.
  • Nombre: Alejandro
  • Apellido Paterno: Ochoa
  • Apellido Materno: García
• Fecha de nacimiento: 1984-06-09
• Lugar de nacimiento: El Paso, Texas, Estados Unidos de América
• Criado en: Ciudad Juárez, Chihuahua, México
• Ciudadanía: Estados Unidos de América

Educación

• 2006-09 a 2013-06. Doctorado. Maestría Incidental. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ. Calificación promedio: 3.925/4.000. Disertación doctoral: Predicción de dominios de proteínas usando estadísticas de contexto, la tasa de falso descubrimiento, y la genómica comparativa, con applicación a Plasmodium falciparum
• 2002-09 a 2006-06. Licenciatura en Ciencias en Biología, y Licenciatura en Ciencias en Matemáticas Teóricas. Instituto de Tecnología de Massachusetts, Cambridge, MA. Calificación promedio: 4.7/5.0. Concentración de humanidades en Francés
• 1999-09 a 2002-05. Preparatoria. Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey, Ciudad Juárez, CHIH, México. Calificación promedio: 93/100.

Premios

• 2020-01-13. Becado de Whitehead, Fundación de caridad de Whitehead. Para profesores nuevos de Duke con potencial excepcional para la investigación y para entrenamiento en investigación el las ciencias biomédicas.
• 2008-04-11. Beca de investigación Diversidad Fundación Ford 2008 competencia posgrado. Administrado por el Consejo de Investigación Nacional de las Academias Nacionales. Otorgado, pero tuve que declinar esta beca a favor de la beca de investigación NSF abajo. Por lo tanto, my nombre aparece en la lista de menciones honoríficas 2008
• 2008-04-01. Beca de investigación para posgrado NSF 2008. Provee soporte de tres años para los estudios de posgrado que culminen en un título de maestría o doctorado basado en investigación y para estudiantes en las primeras etapas de sus estudios de posgrado. Campo de estudio: ciencias biológicas - biología computacional. Estipendio anual de $30,000. Navegue la lista de premiados NSF
• 2006-05-17. Premio Merck 2005-2006 del departamento de biología de MIT. Otorgado a un estudiante de último año por su destacada investigación y desempeño académico en las ciencias de bioinformática o biofísica. Diploma y ¡premio de $1,500!
• 2001-12-01. Medalla de oro de la Olimpiada Mexicana de Matemáticas. Otorgada a los mejores 15 competidores al nivel nacional. Diploma

Empleo

• 2018-07-02 al presente. Profesor eventual. Centro para la Genetica Estadística y Genómica de Duke, Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke, Durham, NC. Laboratorio Ochoa.
• 2013-07-01 a 2018-06-31 Investigador associado posdoctoral. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa y Centro para la Estadística y Aprendizaje Automático, Universidad de Princeton, Princeton, NJ. Laboratorio Storey.

Publicaciones

• Alejandro Ochoa, John D Storey. New kinship and F_ST estimates reveal higher levels of differentiation in the global human population. bioRxiv 2019-05-30.
• Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST and kinship for arbitrary population structures I: Generalized definitions. bioRxiv 2016-10-27.
• 2023-10-06. Rachel Kate Cason, Eileen T Chambers, Tiffany Tu, Megan Chryst-Stangl, Kinsie Huggins, Brandon M Lane, Alejandro Ochoa, Annette M Jackson, Rasheed Gbadegesin. Genetic risk variants for childhood nephrotic syndrome and corticosteroid response. Frontiers in Pediatrics. 11:1248733. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2023-05-04. Yiqi Yao, Alejandro Ochoa. Limitations of principal components in quantitative genetic association models for human studies. eLife. 79238. PubMed. PubMed Central. Artículo. bioRxiv 2022-03-27. bioRxiv 2019-11-29.
• 2023-02-27. Zhuoran Hou, Alejandro Ochoa. Genetic association models are robust to common population kinship estimation biases. Genetics. iyad030. PubMed. PubMed Central. Artículo. bioRxiv 2022-11-08.
• 2021-12-07. Brandon M Lane, Megan Chryst-Stangl, Guanghong Wu, Mohamed Shalaby, Sherif El Desoky, Claire Middleton, Kinsie Huggins, Amika Sood, Alejandro Ochoa, Andrew F Malone, Ricardo Vancini, Sara Miller, Gentzon Hall, So Young Kim, David Howell, Jameela A Kari, Rasheed Gbadegesin. CLVS1, a candidate gene for steroid sensitive nephrotic syndrome, regulates podocyte oxidative stress and endocytosis. JCI Insight. 7(2) e152102. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2021-08-26. Brian I Shaw, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Chloe Nobuhara, Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Eileen T Chambers. HLA Loci and Recurrence of Focal Segmental Glomerulosclerosis In Pediatric Kidney Transplantation. Transplant Direct. 7(10) e748. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2021-05-01. Young-Sook Kim, Graham D Johnson, Jungkyun Seo, Alejandro Barrera, Thomas N. Cowart, William H Majoros, Alejandro Ochoa, Andrew S Allen, Timothy E Reddy. Correcting signal biases and detecting regulatory elements in STARR-seq data. Genome Res. 31(5) 877-889. PubMed. PubMed Central. Artículo. bioRxiv 2020-08-07.
• 2021-01-19. Alejandro Ochoa, John D Storey. Estimating F_ST and kinship for arbitrary population structures. PLoS Genet. 17(1) e1009241. PubMed. PubMed Central. Artículo. bioRxiv 2016-10-27.
• 2017-04-12. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Domain prediction with probabilistic directional context. Bioinf. 33(16) 2471-8. PubMed. PubMed Central. Artículo. bioRxiv 2016-12-14.
• 2016-01-27. Simon A Cobbold, Joana M Santos, Alejandro Ochoa, David H Perlman, Manuel Llinás. Proteome-wide analysis reveals widespread lysine acetylation of major protein complexes in the malaria parasite. Sci Rep. 2016;6:19722. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2015-11-17. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Beyond the E-value: stratified statistics for protein domain prediction. PLoS Comput Biol. 11 e1004509. PubMed. PubMed Central. Artículo. arXiv 2014-09-23.
• 2013-11-13. Moriah L Szpara, Derek Gatherer, Alejandro Ochoa, Benjamin Greenbaum, Aidan Dolan, Rory J Bowden, Lynn W Enquist, Matthieu Legendre, Andrew J Davison. Evolution and diversity in human herpes simplex virus genomes. J Virol. 88:1209-27. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2011-03-31. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using context to improve protein domain identification. BMC Bioinformatics. 12:90. PubMed. PubMed Central. Artículo.
• 2007-11-01. Gevorg Grigoryan, Alejandro Ochoa, Amy E Keating. Computing van der Waals energies in the context of the rotamer approximation. Proteins. 68(4) 863-78. PubMed. Artículo.

Programas distribuidos

Paquetes mayores

• 2021-07-30 - 2024-11-16. simfam. Simula y modela genealogías con fundadores estructurados. R, C++. CRAN. GitHub.
• 2019-03-15 - 2024-08-23. genio. Funciones de entrada/salida para la genética. R, C++. CRAN. GitHub.
• 2019-02-13 - 2024-11-18. simtrait. Simule rasgos complejos a partir de genotipos. R. CRAN. GitHub.
• 2017-09-11 - 2024-10-02. popkin. Estime parentesco y FST bajo estructuras de población arbitrarias. R, C++. CRAN. GitHub.
• 2017-09-11 - 2023-07-21. bnpsd. Modele y simule poblaciones mestizas. R. CRAN. GitHub.
• 2014-09-18 - 2020-07-15. dPUC2. Predicción de dominios usando contexto, version 2. Perl, C. GitHub.
• 2014-06-23 - 2020-07-15. DomStratStats. Estadísticas estratificadas para dominios (valores q y FDR locales). Perl. GitHub.
• 2014-09-12 - 2019-09-12. RandProt. Modelo de Markov de secuencias aleatorias de proteína. Perl. GitHub.
• 2011-02-06 - 2011-02-06. dPUC. Predicción de dominios usando contexto. Perl, C. princeton.edu. viiia.org.

Paquetes menores

• 2021-08-27 - 2023-02-01. simgenphen. Simula genotipos y fenotipos. R. GitHub.
• 2021-08-14 - 2024-11-09. genbin. Envolturas en R para ejecutables en genética. R. GitHub.
• 2020-06-26 - 2023-01-04. ligera. Asociacion genética ligera y robusta. R, C++. GitHub.
• 2019-05-22 - 2022-05-11. popkinsuppl. Suplemento del paquete "popkin". R. GitHub.

Repositorios de artículos

• 2021-08-23 - 2023-02-19. bias-assoc-paper. Proyecto de associación con cesgo de relación. R, bash, LaTeX, markdown. GitHub.
• 2019-08-29 - 2023-04-24. pca-assoc-paper. Proyecto de associación con PCA. R, bash, LaTeX, markdown. GitHub.
• 2019-09-04 - 2024-10-16. data. Instrucciones para procesar datos reales compartidos a través de proyectos. R, bash, Perl, markdown. GitHub.
• 2019-04-25 - 2019-10-17. human-differentiation-manuscript. Análisis de diferenciación humana. R, bash, markdown. GitHub.

Presentaciones/Pláticas

• 2024-07-30. Alejandro Ochoa. Models for diverse human genetic data. Society of Mathematical Biology (SMB) Summer Seminar Series: Diversity in Math Bio. Virtual.
• 2024-06-11. Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Eileen T Chambers. Defining the Landscape of HLA Risk Alleles in Primary Nephrotic Syndrome and Post Kidney Transplant Recurrence. HLA and KIR region genomics in immune-mediated diseases consortium (virtual). National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH), Bethesda, MD.
• 2024-04-28. Tiffany Tu, Alejandro Ochoa. The presence of cryptic relatedness creates inflation in meta-analyses of genome-wide association studies. The 12th RECOMB Satellite Workshop on Computational Methods in Genetics. Centro Stata, Instituto de Tecnología de Massachusetts, Cambridge, MA. Presentado por Tiffany Tu.
• 2024-04-22. Alejandro Ochoa. Models for diverse human genetic data. Princeton QCB seminar. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2023-11-18. Alejandro Ochoa. Genetic association and heritability estimation in structured populations. Duke Computational Biology and Bioinformatics (CBB) retreat. Holston Presbytery Camp and Retreat Center, Banner Elk, NC.
• 2023-10-11. Alejandro Ochoa. Outreach activities: Duke Genomic Scholars Program. NIH Centers for Excellence in Genomics Science (CEGS) Annual Meeting. Centro de Kimmel, Universidad de Nueva York, Nueva York, NY.
• 2023-10-09. Alejandro Ochoa. Genetic Association Studies and Population Structure in Nephrotic Syndrome. Duke Genomic Scholars Program. Medical Science Research Building III (MSRB3), Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2023-06-16. Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Eileen T Chambers. Defining the Landscape of HLA Risk Alleles in Primary Nephrotic Syndrome and Post Kidney Transplant Recurrence. HLA and KIR region genomics in immune-mediated diseases consortium (virtual). National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH), Bethesda, MD.
• 2023-06-21. Alejandro Ochoa. Admixture and genetic association models for complex populations with cryptic relatedness. HCHS/SOL (Hispanic Community Health Study / Study of Latinos) Genetics Special Interest Group (Virtual). Departamento de Bioestadística, Universidad de Harvard, Cambridge, MA.
• 2023-04-20. Alejandro Ochoa, Yuncheng Duan, Revathy Venukuttan, Shannon Clarke, Timothy E Reddy. Development of Genomic Resource Modules for a Diverse Workforce. NIH Centers for Excellence in Genomics Science (CEGS) Virtual Outreach Meeting. The Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME.
• 2023-03-19. Alejandro Ochoa, Amika Sood. Inference of admixture model parameters from genetic covariance. American Mathematical Society (AMS) 2023 Spring Southeastern Sectional Meeting. Instituto de Tecnología de Georgia, Atlanta, GA.
• 2022-11-03. Rachel Kate Cason, Megan Chryst-Stangl, Kinsie Huggins, Brandon M Lane, Tiffany Tu, Alejandro Ochoa, Rasheed Gbadegesin. HLA Antigens And Recurrence Of Focal Segmental Glomerulosclerosis In Pediatric Kidney Transplantation. American Society of Nephrology Kidney Week. Orlando, FL. Presentado por Rachel Kate Cason.
• 2022-08-26. Alejandro Ochoa. Genetic association models for related samples and population structure. BERD Core Seminar. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2022-07-08. Alejandro Ochoa. Statistical Genetics Research: Kinship, Bias, Admixture. Latinx in the Mathematical Sciences Conference 2022 (LatMath2022). Institute for Pure and Applied Mathematics, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA.
• 2022-06-11. Alejandro Ochoa. Statistical Genetics Research: Kinship, Bias, Admixture. Duke University Program in Genetics and Genomics (UPGG) retreat. Suite 4, Durham, NC.
• 2022-04-28. Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Eileen T Chambers. Defining the Landscape of HLA Risk Alleles in Primary Nephrotic Syndrome and Post Kidney Transplant Recurrence. HLA and KIR region genomics in immune-mediated diseases consortium (virtual). National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH), Bethesda, MD.
• 2021-08-19. Alejandro Ochoa. Statistical Genetics Research: Kinship, Bias, Admixture. Orientation for MB and PhD students. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2021-06-05. Brian I Shaw, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Eileen T Chambers. HLA Antigens And Recurrence Of Focal Segmental Glomerulosclerosis In Pediatric Kidney Transplantation.. American Transplant Congress. Virtual. Presentado por Brian I Shaw.
• 2021-04-06. Rasheed Gbadegesin, Annette M Jackson, Alejandro Ochoa, Cliburn Chan, Eileen T Chambers. Defining the Landscape of HLA Risk Alleles in Primary Nephrotic Syndrome and Post Kidney Transplant Recurrence. HLA and KIR region genomics in immune-mediated diseases consortium (virtual). National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH), Bethesda, MD.
• 2021-03-10. Alejandro Ochoa. Statistical models and methods for human genetic data. Statistics seminar. Departamento de Matemáticas y Estadística, Universidad Estatal de Washington, Pullman, WA.
• 2021-02-19. Alejandro Ochoa. Master's Student Research in the Ochoa Lab. Master of Biostatistics Virtual Visit Day. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2020-10-27. Amika Sood, Alejandro Ochoa. Estimating ancestry from a population kinship matrix under arbitrary ancestral subpopulation structure. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Virtual. Presentado por Amika Sood.
• 2020-02-18. Alejandro Ochoa. Population Kinship and Differentiation in Human Studies. University Program in Genetics and Genomics (UPGG) seminar. Cuarto 147, edificio Nanaline Duke, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2019-09-28. Alejandro Ochoa. Modeling Relatedness in Genetic Association Studies. Duke Computational Biology and Bioinformatics (CBB) retreat. Holiday Inn Resort, Playa Wrightsville, NC.
• 2019-08-21. Alejandro Ochoa, John D Storey. Genetic Analyses under General Relatedness. Computational Biology and Bioinformatics (CBB) orientation. The Fitzpatrick Center for Interdisciplinary Engineering, Medicine and Applied Sciences (FCIEMAS), Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2019-02-04. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Computational Biology and Bioinformatics (CBB) seminar. Centro Científico Familia French, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2019-01-11. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures (lightning talk). 4th Mexico Population Genomics Meeting. Complejo Amoxcalli, Facultad de Ciencias, Ciudad Universitaria, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, DF, México.
• 2018-09-27. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Population Biology seminar, Departamento de Biología, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2018-02-21. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2018-01-22. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Departamento de Bioestadística, Universidad de Johns Hopkins, Baltimore, MD.
• 2017-11-10. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Departamento de Biología, Universidad de Richmond, Richmond, VA.
• 2017-11-03. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and differentiation in arbitrary population structures. Genomics Retreat. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2017-06-14. Alejandro Ochoa, John D Storey. Measuring relatedness in human populations from DNA. Summer Undergraduate Research Program. Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2017-05-11. Alejandro Ochoa, John D Storey. Measuring relatedness in human populations from DNA. Princeton Research Day. Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2017-02-13. Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST and kinship for arbitrary population structures. Departamento de Genetica, Universidad de Carolina del Norte, Chapel Hill, NC.
• 2016-06-09. Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST generalized for arbitrary population structures. Summer Undergraduate Research Program. Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2016-05-06. Andrew J Bass, Alejandro Ochoa, Emily Nelson, John D Storey. Storey Lab lightning talk. Genomics Retreat. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2016-03-02. Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST generalized for arbitrary population structures. ICAhN Think and Drink. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2016-01-21. Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST generalized for arbitrary population structures. New York Area Population Genomics Workshop 2016. Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2015-10-15. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Beyond the E-value: stratified statistics for protein domain prediction. Probabilistic Modeling in Genomics (ProbGen) conference. Laboratorio Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor, NY.
• 2013-06-27. Alejandro Ochoa. Protein domain prediction using context statistics, the false discovery rate, and comparative genomics, with application to Plasmodium falciparum. PhD defense. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2013-04-17. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Forget the E-value: family-based q-values for protein domain prediction, and empirical error detection. Telepresentation for Yun Song's group. UC Berkeley, Berkeley, CA.
• 2013-03-25. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Forget the E-value: q-values for domains (poster blitz). Biological sequence analysis and probabilistic models (ProbGen) conference. HHMI Janelia Farm, Ashburn, VA.
• 2013-02-25. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Forget the E-value: family-based q-values for protein domain prediction, and empirical error detection. National Center for Biotechnology Information (NCBI), National Institutes of Health (NIH), Bethesda, MD.
• 2012-03-01. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Domain Prediction Using Context in Plasmodium falciparum. Recruiting conference. Departamento de Ciencia Computacional, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2010-10-09. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Improving domain prediction in Plasmodium falciparum. Retreat. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2010-03-04. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Domain Prediction Using Context (dPUC): a framework for enhancing protein domain predictions across diverse organisms. Graduate Colloquium. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2009-02-05. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using domain context for protein domain prediction in Plasmodium falciparum. Graduate Colloquium. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2007-10-25. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Distant homology, networks, and Plasmodium falciparum. Graduate Colloquium. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2004-08-26. Alejandro Ochoa. La Biología Molecular. Rotary Club Paso del Norte, Ciudad Juárez, CHIH, México. Reconocimiento.

Pósteres

• 2024-11-08. Ratchanon Pornmongkolsuk, Alejandro Ochoa. Evaluation of imputation methods for ancient African DNA. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Cocc, Denver, CO. Presentado por Ratchanon Pornmongkolsuk.
• 2024-11-06. Zhuoran Hou, Alejandro Ochoa. Kinship estimation bias carries over to heritability estimation bias using variance components. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Cocc, Denver, CO. Presentado por Zhuoran Hou.
• 2024-11-06. Tiffany Tu, Alejandro Ochoa. Genetic association meta-analysis is susceptible to confounding by between-study cryptic relatedness. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Cocc, Denver, CO. Presentado por Tiffany Tu.
• 2024-10-25. Tiffany Tu, Alejandro Ochoa, Amika Sood, Cliburn Chan, Eileen T Chambers, Annette M Jackson, Adebowale Adeyemo, Rasheed Gbadegesin. Genome-wide Association Studies of Pediatric Nephrotic Syndrome identify variants associated with corticosteroid response. American Society of Nephrology (ASN) Kidney Week. Sdcc, San Diego, CA. Presentado por Tiffany Tu.
• 2024-04-28. Tiffany Tu, Alejandro Ochoa. The presence of cryptic relatedness creates inflation in meta-analyses of genome-wide association studies. The 12th RECOMB Satellite Workshop on Computational Methods in Genetics, and 28th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB). Centro Stata, Instituto de Tecnología de Massachusetts, Cambridge, MA. Presentado por Tiffany Tu.
• 2023-11-04. Tiffany Tu, Rasheed Gbadegesin, Adebowale Adeyemo, Alejandro Ochoa. A test of genotyping platform bias for multiethnic case/control association studies merging external controls. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Walter E. Washington Convention Center, DC. Presentado por Tiffany Tu.
• 2023-11-03. Ratchanon Pornmongkolsuk, Alejandro Ochoa. Single-locus imputation of ancient African DNA using novel regression-based approach. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Walter E. Washington Convention Center, DC. Presentado por Ratchanon Pornmongkolsuk.
• 2023-10-11. Shannon Clarke, Makenzie Beaman, Yuncheng Duan, Apoorva Iyengar, Revathy Venukuttan, Eden Harris, Allison Ashley-Koch, Rasheed Gbadegesin, Opeyemi Olabisi, William H Majoros, Timothy E Reddy, Alejandro Ochoa. Duke Genomic Scholars Program: Providing Accessible Genomic Training for a Diverse Workforce. NIH Centers for Excellence in Genomics Science (CEGS) Annual Meeting. Centro de Kimmel, Universidad de Nueva York, Nueva York, NY. Presentado por Shannon Clarke.
• 2022-10-27. Zhuoran Hou, Alejandro Ochoa. Genetic association models are robust to common population kinship estimation biases. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Centro de Convenciones, Downtown, Los Angeles, CA. Presentado por Zhuoran Hou.
• 2022-10-19. Alejandro Ochoa, Yuncheng Duan, Revathy Venukuttan, Shannon Clarke, Timothy E Reddy. Development of Genomic Resource Modules for a Diverse Workforce. NIH Centers for Excellence in Genomics Science (CEGS) Annual Meeting. The Mary Duke Biddle Trent Semans Center for Health Education, Universidad de Duke, Durham, NC.
• 2021-04-14. Alejandro Ochoa, Amika Sood. Joint inference of admixture and population history from the genetic covariance structure. Probabilistic Modeling in Genomics (ProbGen) conference. Virtual.
• 2020-10-27. Alejandro Ochoa, John D Storey. New kinship and F_ST estimates applied to the global human population. American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting. Virtual.
• 2019-01-11. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and Differentiation in Arbitrary Population Structures. 4th Mexico Population Genomics Meeting. Complejo Amoxcalli, Facultad de Ciencias, Ciudad Universitaria, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, DF, México.
• 2018-11-05. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and Differentiation in Arbitrary Population Structures. Probabilistic Modeling in Genomics (ProbGen) conference. Laboratorio Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor, NY.
• 2018-05-15. Alejandro Ochoa, John D Storey. Relatedness and Differentiation in Arbitrary Population Structures. Population, Evolutionary and Quantitative Genetics Conference. Hotel Madison Concourse, Madison, WI.
• 2016-11-03. Alejandro Ochoa, John D Storey, Srikanth Gottipati, Shashank Rohatagi, Andrew Forbes, Deborah Profit, Raymond Sanchez, Margaretta Nyilas, William Carson. Mixed Effects Modeling of Placebo Response Across 8 Placebo-controlled Aripiprazole Trials Spanning 20 Years in Acutely Relapsed Schizophrenia Patients. Neuroscience Education Institute Psychopharmacology Congress. Broadmoor Convention Center, Colorado Springs, CO.
• 2016-11-03. Srikanth Gottipati, Alejandro Ochoa, Shashank Rohatagi, Andrew Forbes, Deborah Profit, Raymond Sanchez, Margaretta Nyilas, William Carson. Canonical Loadings of PANSS Subscales Show Differential Placebo and Aripiprazole Drug Responses in Schizophrenia Patients. Neuroscience Education Institute Psychopharmacology Congress. Broadmoor Convention Center, Colorado Springs, CO. Presentado por Srikanth Gottipati.
• 2015-09-18. Alejandro Ochoa, John D Storey. F_ST generalized for arbitrary population structures. John W. Tukey 100th Birthday Celebration conference. Centro para la Estadística y Aprendizaje Automático, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2013-03-25. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Forget the E-value: family-based q-values for protein domain prediction, and empirical error detection. Biological sequence analysis and probabilistic models (ProbGen) conference. HHMI Janelia Farm, Ashburn, VA.
• 2010-11-09. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using context to predict protein domains across diverse organisms. Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 3rd Joint Conference on Systems Biology, Regulatory Genomics, and DREAM Challenges. Universidad de Columbia, Nueva York, NY.
• 2010-04-17. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using context to predict protein domains across diverse organisms. Center for Quantitative Biology Symposium. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2008-01-19. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Sequence and systems approaches to uncovering protein function in Plasmodium falciparum. Center for Quantitative Biology Symposium. Instituto Lewis-Sigler para la Genómica Integrativa, Universidad de Princeton, Princeton, NJ.
• 2007-09-10. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Using domain information and functional networks to predict protein interactions. Princeton University Molecular Biology Annual Retreat. Fernwood Hotel and Resort, Bushkill, PA.

Experiencia en investigación

• 2013-07 a 2018-06. Investigación postdoctoral. Universidad de Princeton. Laboratorio Storey. Desarrollé nuevas definiciones y herramientas para estudiar estructuras arbitrarias de poblaciones. También usé modelos matemáticos para una serie temporal de ensayos clínicos.
• 2007-05 a 2013-06. Investigación de tesis de posgrado. Universidad de Princeton. Laboratorio Singh y Laboratorio Llinás. Programé en Perl y C, para mejorar en general la predicción de dominios usando secuencias, pero con análisis extenso en las proteínas de Plasmodium falciparum. También usé biología experimental (clonación, purificación de proteínas y análisis de micromatrices para interacción con proteínas) para determinar si dominios AP2 nuevos interactuan con ADN.
• 2007-03 a 2007-05. Rotación de posgrado. Universidad de Princeton. Laboratorio Tavazoie. Biología experimental, cloné un aptámero de RNA para uso en una evaluación de presentación de bacteriófago.
• 2006-12 a 2007-02. Rotación de posgrado. Universidad de Princeton. Laboratorio Singh. Analicé interacciones de proteínas predecidas por la presencia de pares de dominios que interactuan.
• 2006-09 a 2006-11. Rotación de posgrado. Universidad de Princeton. Laboratorio Troyanskaya. Construí y analicé un "criterio dorado" de términos de la Ontología de Genes integrado de predicciones de muchas fuentes, en Saccharomyces cerevisiae y Homo sapiens.
• 2005-01 a 2006-08. Investigador asistente de licenciatura. MIT. Laboratorio Keating. Probé y analicé diseños computacionales de proteínas usando potenciales modificados de van der Waals usando potenciales físicos de átomos completos.

Mentoreo

Aprendices actuales, asesor principal

• 2020-now. Tiffany Tu. Doctorado. Graduate rotation, Dissertation adviser. Laboratorio Ochoa. Programa de Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2022-now. Ratchanon "RP" Pornmongkolsuk. Doctorado. Graduate rotation, Dissertation adviser. Laboratorio Ochoa. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2022-now. Zhuoran Hou. Doctorado. Graduate rotation, Dissertation adviser. Laboratorio Ochoa. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.

Aprendices actuales, asesor secundario

• 2021-now. Cymfenee Dean-Phifer. Doctorado. Graduate rotation, Dissertation committee. Laboratorio Goldberg. Programa de Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2022-now. Changxin Wan. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Ji. Programa de Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2023-now. Bide "Peter" Chen. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Goldberg. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2023-now. Grace E. Rhodes. Doctorado. Graduate rotation, Dissertation committee. Laboratorio Allen. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2023-now. Gabriel Kennedy. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Goldberg. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2023-now. Anvita Kulshrestha. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Ashley-Koch. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2024-now. Jennifer Drucker Varner. Fellow. Scholarship Oversight Committee. Laboratorio Gbadegesin. Departamento de Pediatría, Universidad de Duke.
• 2024-now. Constantine Stavrianidis. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Allen. Programa de Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2024-now. Elisa Ma. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Landstrom and Allen. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.

Aprendices pasados, asesor principal

• 2019-2020. Yiqi Yao. Maestría. BCTIP internship, Master's project adviser. Laboratorio Ochoa. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke. Now Senior Business Analyst at BenHealth.
• 2019-2022. Amika Sood. Posgrado. Postdoctoral adviser. Laboratorio Ochoa. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke. Now Staff Scientist at Complex Carbohydrate Research Center (CCRC), The University of Georgia.
• 2020-2021. Zhuoran Hou. Maestría. BCTIP internship. Laboratorio Ochoa. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke. Now PhD Student at Duke University, BB.
• 2020-2022. Jiajie Shen. Maestría. Research, Master's project adviser. Laboratorio Ochoa. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2021-2022. Emmanuel Mokel. Licenciatura. Research Independent Study. Laboratorio Ochoa. Departamento de Ciencia Estadística, Universidad de Duke.
• 2023-2023. Danielle Mensah. Licenciatura. Research Independent Study. Laboratorio Ochoa. Departamento de Ciencia Computacional, Universidad de Duke.

Aprendices pasados, asesor secundario

• 2009. Neo Christopher Chung. Doctorado. Graduate rotation. Laboratorio Llinás. Programa de Biología Computacional Cuantitativa, Universidad de Princeton. Now Adjunct Faculty at University of Warsaw.
• 2010. Jeremy Bigness. Doctorado. Graduate rotation. Laboratorio Singh. Programa de Biología Computacional Cuantitativa, Universidad de Princeton. Now PhD Student at Brown University.
• 2011. Sebastian Nasamu. Licenciatura. Summer project. Laboratorio Llinás. Departamento de Biología Molecular, Universidad de Princeton. Now Post-doctoral Research Fellow at Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health.
• 2019. Yuncheng Duan. Doctorado. Graduate rotation. Laboratorio Ochoa. Departamento de Biología, Universidad de Duke. Now PhD Student at Duke University, Allen Lab.
• 2019-2020. Shengyu Li. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Allen. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke. Now PhD Student at Duke University, CBB.
• 2019-2024. Xue "Scarlett" Zou. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Allen. Programa de Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2020-2022. Iman Hamid. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Goldberg. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke. Now Scientist at Variant Bio.
• 2020-2021. Bobby Boone IV. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Landstrom. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke. Now Biostatistician II at University of Utah Health.
• 2020-2023. Brandon M. Lê. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Ashley-Koch. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2020-2023. Rachel Cason. Médico residente. Scholarship Oversight Committee, Master's project committee. Laboratorio Gbadegesin. Departamento de Pediatría, Universidad de Duke.
• 2021-2022. Valerie Gartner. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Wray. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2021-2022. Hongyu Du. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Allen. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2021-2022. Krista Pipho. Doctorado. Dissertation committee. Laboratorio Goldberg. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2021-2022. Weiliang "Frank" Tian. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Soderling. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2023-2024. Jinting Justin Liu. Maestría. Master's project committee. Laboratorio Majoros. Departamento de Bioestadística y Bioinformática, Universidad de Duke.
• 2024-2024. Katelyn Jaggi. Doctorado. Graduate rotation. Laboratorio Ochoa. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.
• 2024-2024. Erick Figueroa Ildefonso. Doctorado. Graduate rotation. Laboratorio Ochoa. University Program in Genetics and Genomics, Universidad de Duke.

Experiencia enseñando

• 2017-09-13 a 2018-01-16. Co-instructor de Introducción a la genómica y biología molecular computacional (QCB/MOL/COS 455). Instructores Mona Singh, Michael S. Levine, Alejandro Ochoa, y Joshua Akey. Universidad de Princeton. Biología Cuantitativa y Computacional, Biología Molecular, y Ciencia de la Computación.
• 2017-06-14 a 2017-08-11. Líder de discusión. Programa de investigación de verano para estudiantes de licenciatura. Universidad de Princeton
• 2016-09-09. Taller de tratamiento estadistico de datos. Para estudiates de primer año de posgrado en Biología Molecular (MOL) y Biología Cuantitativa y Computacional (QCB). Universidad de Princeton
• 2016-06-09 a 2016-08-04. Líder de discusión. Programa de investigación de verano para estudiantes de licenciatura. Universidad de Princeton
• 2015-09-15. Taller de tratamiento estadistico de datos. Para estudiates de primer año de posgrado en Biología Molecular (MOL) y Biología Cuantitativa y Computacional (QCB). Universidad de Princeton
• 2014-09-11. Taller de tratamiento estadistico de datos. Para estudiates de primer año de posgrado en Biología Molecular (MOL) y Biología Cuantitativa y Computacional (QCB). Universidad de Princeton
• 2011-09-15 a 2012-01-15. Tutor asistente de Introducción a la genómica y biología molecular computacional (COS/MOL 455/551). Profesores Mona Singh y Coleen Murphy. Universidad de Princeton. Biología Molecular y Ciencia de la Computación.
• 2008-02-04 a 2008-05-22. Tutor asistente de Laboratorio principal (MOL 350). Profesores Alison Gammie y Robyn Tanny. Universidad de Princeton. Biología molecular.
• 2008-01-31 a 2008-02-01. Orientación de enseñanza a los tutores asistentes. Una orientación para mejorar la enseñanza de estudiantes de licenciatura. Universidad de Princeton. Centro McGraw para enseñanza y aprendizaje, y la Escuela de Graduados. Certificado de atendencia
• 2005-06 a 2005-08. Tutor asistente de cálculo. MIT. OME Proyecto Interfase
• 2004-06 a 2004-08. Tutor asistente de cálculo. MIT. Programa MITE²S
• 2003-09 a 2004-06. Tutor de cálculo multivariable y ecuaciones diferenciales. MIT. OME Seminario XL
• 2003-06 a 2003-08. Tutor asistente de cálculo. MIT. Programa MITE²S
• 2002-06. Lecciones de combinatoria. ITESM. Olimpiada Mexicana de Matemáticas en Chihuahua
• 2002-01 a 2002-06. Tutoría en la preparatoria de álgebra, trigonometría, y cálculo. ITESM. Servicio becario

Difusión

• 2017-06-09. Panelista para la conferencia HISPA de latinos universitarios. Universidad de Princeton. Programa
• 2011-03-17. Expo de ciencia e ingeniería. HHMI y Universidad de Princeton. Certificado de apreciación
• 2010-09-19 a 2010-09-22. Feria de reclutamiento Ivy-plus en los campuses de la Universidad de Puerto Rico. El Decano Redman invitó a Luis Othoniel y a mí a reclutar a estudiantes puertorriqueños a Princeton, en un evento organizado en conjunción con otras universidades. Cubrimos los campuses de Río Piedras, Humacao, Cayey, y Mayagüez.
• 2010-03-18. Expo de ciencia e ingeniería. HHMI y Universidad de Princeton. Certificado de apreciación
• 2009-03-19. Expo de ciencia e ingeniería. HHMI y Universidad de Princeton. Certificado de apreciación. También aparecí en un ¡artículo de noticia!
• 2008-03-19. Expo de ciencia e ingeniería. HHMI y Universidad de Princeton. Certificado de apreciación
• 2007-11-09. Ayudando a estudiantes de preparatorias locales con sus ensayos personales para universidades. Universidad de Princeton. PUPP

Concursos

• 2003-12. Examen Putnam. Matemáticas nivel licenciatura nacional. MIT. Cambridge, Massachusetts, Estados Unidos de América
• 2002-12. Examen Putnam. Matemáticas nivel licenciatura nacional. MIT. Cambridge, Massachusetts, Estados Unidos de América
• 2002-05. Feria del emprendedor. ITESM. Ciudad Juárez, Chihuahua, México
• 2001-11. Examen nacional para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas. OMM. Oaxtepec, Morelos, México. Vea premios arriba.
• 2001-07. Examen estatal para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas en Chihuahua. UACJ. Ciudad Juárez, Chihuahua, México
• 2000-11. CreaTec. ITESM. Ciudad Juárez, Chihuahua, México
• 2000-07-05. Examen estatal para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas en Chihuahua. UACH. Chihuahua, Chihuahua, México. Diploma
• 2000-06-10. Examen regional para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas en Chihuahua. UACJ. Ciudad Juárez, Chihuahua, México. Reconocimiento
• 1999-05. Examen de matemáticas aplicadas. Gobierno estatal de Chihuahua. Ciudad Juárez, Chihuahua, México. Reconocimiento

Programas especiales

• 2002-06 a 2002-08. Proyecto Interfase. Para estudiantes admitidos en su transición al MIT, especialmente los que beneficien de su enriquecimiento académico y soporte. MIT OME. Cambridge, Massachusetts, Estados Unidos de América. Diploma
• 2002-06. Abel Project. Para estudiantes distinguidos en matemáticas de último año de preparatoria. UACJ. Ciudad Juárez, Chihuahua, México. Diploma
• 2001-12 a 2002-03. Entrenamientos nacionales para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas. OMM, CIMAT. Guanajuato, Guanajuato, México
• 2001-08 a 2001-10. Entrenamientos estatales para la Olimpiada Mexicana de Matemáticas en Chihuahua. UACJ. Ciudad Juárez, Chihuahua, México

Habilidades

• Sistemas operativos: Windows, Linux (Fedora/Red Hat)
• Programación: R, Perl, Bash, Java, C, Javascript
• Lenguajes de marcado: LaTeX (incl. TikZ, Beamer), HTML, CSS, XML, YAML, R Markdown
• Sistemas de control de versión: Git/GitHub, SVN
• Herramientas de oficina: Microsoft Office (Word, Excel, PowerPoint), OpenOffice/LibreOffice
• Herramientas educativas: Blackboard, Piazza
• Lenguajes humanos:
  • Español (nativo, destreza oral y escrita)
  • Inglés (segundo idioma, destreza oral y escrita)
  • Francés (conversacional, destreza en lectura)
  • Comprensión parcial de italiano y portugués.
  • Aprendiendo nahuatl, latín
  • Interesado en el maya, alemán, hindi y persa.

Cuentas profesionales en linea

• Linked-in (red social)
• GitHub (my código público)
• Google Scholar (publicaciones y citas)
• Scopus (publicaciones y citas)
• ORCID (perfil de investigación)
• Publons (registro de críticas de colegas)

Membresías

• 2011-09 a 2012-09. Asociación Americana para el Avance de la Ciencia (AAAS en inglés). Aceptado por el Programa AAAS/Ciencia de Exelencia en la Ciencia.
• 2006-09 a 2010-09. Asociación de estudiantes latinos de posgrado (LGSA en inglés). Miembro de la junta directiva, en la posición de Especialista de Tecnología 2007-2010 (a cargo del sitio de internet, lista de correos electrónicos, fotos, y calendario). Miembro regular el primer año. Universidad de Princeton.
• 2002-09 a 2006-05. Asociación de estudiantes Puertorriqueños (APR en inglés). Miembro regular. MIT.

Intereses

• Música: interpretación (guitarra, bajo, piano, voz), composición, escucha
• Deportes: esquí, ciclismo, futbol
• Artes visuales: fotografía, cine, dibujo
• Lenguajes: vea habilidades arriba
• Viaje

Expicación de siglas institucionales

• CIMAT: Centro de Investigación en Matemáticas
• ITESM: Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey, campus Ciudad Juárez
• MIT: Instituto de Tecnología de Massachusetts
• MITE²S: Minority Introduction to Engineering, Entrepreneurship, and Science (MIT)
• NSF: National Science Foundation
• OME: Office of Minority Education (MIT)
• OMM: Olimpiada Mexicana de Matemáticas
• PUPP: Princeton University Preparatory Program
• UACH: Universidad Autónoma de Chihuahua
• UACJ: Universidad Autónoma de Ciudad Juárez