Resumen de mi investigación

en la biología estadística y computacional

por Alejandro Ochoa García

He estudiado evolución en el ADN y proteínas, y malaria.

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Mi cara

Mi meta es desarrollar métodos estadísticos, modelos probabilisticos, y algoritmos para problemas en la biología computacional. Estoy particularmente interesado en enfermedades y evolución humana, incluyendo el estudio de genética de poblaciones y secuencias de proteína. Analizo conjuntos de datos grandes y afronto problemas coun una variedad de herramientas de la estadística y ciencias computacionales, balanceando la precisión con el rendimiento. Ejemplos incluyen tomar en cuenta el parentesco genómico para mejor asociar genotipos a enfermedades, mejorar las predicciones de dominios en bases datos grandes de proteínas, modelar puntajes psiquiátricos en ensayos clínicos, y expander anotaciones funcionales en parásitos de la malaria.

Actualmente soy un investigador de postdoctorado en el laboratorio de John D Storey en la Universidad de Princeton.

Recibí my doctorado en Biología Molecular en el 2013 de la Universidad de Princeton, coasesorado por Mona Singh y Manuel Llinás. En el 2006 terminé la carrera doble en biología y matemáticas en el Instituto de Tecnología de Massachusetts. Vea mi CV (PDF).

Genética de poblaciones

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Alejandro Ochoa, John D Storey. FST and kinship for arbitrary population structures II: Method of moments estimators. Entregado. bioRxiv 2016-10-27.

Programas: popkin y bnpsd

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Alejandro Ochoa, John D Storey. FST and kinship for arbitrary population structures I: Generalized definitions. Entregado. bioRxiv 2016-10-27.

Predicción de dominios de proteína

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2017-04-12. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Domain prediction with probabilistic directional context. Bioinf. 2017 btx221 Pubmed Artículo. bioRxiv 2016-12-14.

Programa: dPUC2

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2015-11-17. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Beyond the E-value: stratified statistics for protein domain prediction. PLoS Comput Biol. 11 e1004509. Pubmed Artículo arXiv 2014-09-23.

Programas: DomStratStats y RandProt

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2011-03-31. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using context to improve protein domain identification. BMC Bioinformatics 12:90. Pubmed Artículo.

Programa: dPUC1

Investigación colaborativa

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2016-01-27. Simon A Cobbold, Joana M Santos, Alejandro Ochoa, David H Perlman, Manuel Llinás. Proteome-wide analysis reveals widespread lysine acetylation of major protein complexes in the malaria parasite. Sci Rep 2016;6:19722 Pubmed Artículo.

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2013-11-13. Moriah L. Szpara, Derek Gatherer, Alejandro Ochoa, Benjamin Greenbaum, Aidan Dolan, Rory J. Bowden, Lynn W. Enquist, Matthieu Legendre, Andrew J. Davison. Evolution and diversity in human herpes simplex virus genomes. J Virol 88:1209–1227. Pubmed Artículo

Diseño computacional de proteínas

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2007-11-01. Gevorg Grigoryan, Alejandro Ochoa, Amy E Keating. Computing van der Waals energies in the context of the rotamer approximation. Proteins 68 (4), 863-78. Pubmed Artículo

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