Resumen de mi investigación

en la biología estadística y computacional

por Alejandro Ochoa García

He estudiado evolución en el ADN y proteínas, y malaria.

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Mi cara

Mi meta es desarrollar métodos estadísticos, modelos probabilisticos, y algoritmos para problemas en la biología computacional. Estoy particularmente interesado en enfermedades y evolución humana, incluyendo el estudio de genética de poblaciones y secuencias de proteína. Analizo conjuntos de datos grandes y afronto problemas coun una variedad de herramientas de la estadística y ciencias computacionales, balanceando la precisión con el rendimiento. Ejemplos incluyen tomar en cuenta el parentesco genómico para mejor asociar genotipos a enfermedades, mejorar las predicciones de dominios en bases datos grandes de proteínas, modelar puntajes psiquiátricos en ensayos clínicos, y expander anotaciones funcionales en parásitos de la malaria.

Soy un Profesor Asistente en el Departamento de Bioestadística y Bioinformática en la Universidad de Duke. Mi grupo de investigación, el Laboratorio Ochoa, es parte del Centro de Genética y Genómica Estadística de Duke.

Fuí un investigador de postdoctorado en el laboratorio de John D Storey en la Universidad de Princeton hasta 2018. Recibí my doctorado en Biología Molecular en el 2013 de la Universidad de Princeton, coasesorado por Mona Singh y Manuel Llinás. En el 2006 terminé la carrera doble en biología y matemáticas en el Instituto de Tecnología de Massachusetts. Vea mi CV (PDF).

Genética de poblaciones

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Alejandro Ochoa, John D Storey. FST and kinship for arbitrary population structures II: Method of moments estimators. bioRxiv 2016-10-27.

Programas: popkin y bnpsd

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Alejandro Ochoa, John D Storey. FST and kinship for arbitrary population structures I: Generalized definitions. bioRxiv 2016-10-27.

Predicción de dominios de proteína

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2017-04-12. Alejandro Ochoa, Mona Singh. Domain prediction with probabilistic directional context. Bioinf 33(16) 2471-2478. PubMed. Artículo. bioRxiv 2016-12-14.

Programa: dPUC2

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2015-11-17. Alejandro Ochoa, John D Storey, Manuel Llinás, Mona Singh. Beyond the E-value: stratified statistics for protein domain prediction. PLoS Comput Biol 11 e1004509. PubMed. Artículo. arXiv 2014-09-23.

Programas: DomStratStats y RandProt

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2011-03-31. Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, Mona Singh. Using context to improve protein domain identification. BMC Bioinformatics 12:90. PubMed. Artículo.

Programa: dPUC1

Investigación colaborativa

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2016-01-27. Simon A Cobbold, Joana M Santos, Alejandro Ochoa, David H Perlman, Manuel Llinás. Proteome-wide analysis reveals widespread lysine acetylation of major protein complexes in the malaria parasite. Sci Rep 2016;6:19722. PubMed. Artículo.

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2013-11-13. Moriah L Szpara, Derek Gatherer, Alejandro Ochoa, Benjamin Greenbaum, Aidan Dolan, Rory J Bowden, Lynn W Enquist, Matthieu Legendre, Andrew J Davison. Evolution and diversity in human herpes simplex virus genomes. J Virol 88:1209-1227. PubMed. Artículo.

Diseño computacional de proteínas

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2007-11-01. Gevorg Grigoryan, Alejandro Ochoa, Amy E Keating. Computing van der Waals energies in the context of the rotamer approximation. Proteins 68 (4), 863-78. PubMed. Artículo.

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