Búsqueda en ortogrupos

dPUC: Domain Prediction Using Context

por Alejandro Ochoa García, Manuel Llinás, Mona Singh

¡Extienda sus predicciones de Pfam sin perder precisión usando el contexto de dominios!

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Busque entre nuestras predicciones de dominios en doce organismos (seis especies de Plasmodium [P. falciparum, P. vivax, P. knowlesi, P. chabaudi, P. berghei, P. yoelii], Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Saccaromyces cerevisiae, Escherichia coli, y Mycobacterium tuberculosis.), y vealos gráficamente, organizados por ortología. Busque abajo usando el identificador (ID) de proteina, nombres y accesiones de dominio (Pfam, SMART, y Superfamily), o palabras clave.

Todas las búsquedas son insensibles a la diferencia entre minúsculas y mayúsculas, pero exactas fuera de eso (incluyendo palabras clave).

Búsqueda de proteínas

Busque sus proteínas usando sus identificadores (IDs) únicos. En el caso de las especies de Plasmodium, deberá usar los IDs de PlasmoDB (por ejemplo, PFE1390w). Para el resto (Humano, Mosca, Gusano, Levadura, E. coli y M. tuberculosis) use las accesiones de Uniprot (por ejemplo, Q9V3C0, pero no DDX41_DROME, esas se pueden buscar abajo como palabras clave).

Búsqueda de dominios

Busque proteínas que contienen dominios de interés. La búsqueda es insensible a la diferencia entre minúsculas y mayúsculas, pero todo el resto tiene que ser exacto (por ejemplo, "zf-CCHC" está correcto, pero no "zfCCHC" o "zf_CCHC"). Use las siguientes ligas a las bases de datos para encontrar los nombres o accesiones exactos de sus dominios. Puede buscar por nombres (por ejemplo, Utp13) o accesiones (por ejemplo, PF08625) de Pfam, o SCCSs (por ejemplo, c.37.1) o accesiones (por ejemplo, SSF52540) de Superfamily, o nombres (por ejemplo, HELICc) o accesiones (por ejemplo, SM00490) de SMART. Los dominios de Pfam Normal (versión 23) y Pfam dPUC están disponibles para todos los organismos, pero los dominios de Superfamily y SMART sólo están disponibles para las especies Plasmodium y fueron obtenidos de PlasmoDB 6.0.

La búsqueda de varios dominios es posible, y los resultados con más de esos dominios se aparecerán primero, lo cual es muy útil si está buscando arquitecturas de dominios. Sin embargo, todos los resultados con al menos un dominio buscado serán listados.

Note que todas las accesiones de dominios son únicas, mientras que los nombres de dominios pueden tener conflictos entre Pfam y SMART (y nuestra base de datos transformará el nombre a la accesión de uno o el otro al azar), así que recomiendo usar accesiones para evitar estos errores.

Búsqueda de palabras clave

Busque proteínas conteniendo palabras clave arbitrarias (excluyendo IDs de proteínas o dominios). Las palabras clave provienen ya sea de las descripciones de las proteínas (por ejemplo, "RNA helicase-1", obtenidas de PlasmoDB o Uniprot), o de las descripciones de los dominios (por ejemplo, "DEAD/DEAH box helicase" o "P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases", obtenidas de Pfam o Superfamily, no disponibles para SMART). En el caso de las proteínas de Uniprot, el nombre (por ejemplo, DDX41_DROME) también puede ser buscado como palabra clave. Sólo se puede buscar en inglés.

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