DPUC

Domain Prediction Using Context

por Alejandro Ochoa García, Manuel Llinás, Mona Singh

¡Extienda sus predicciones de Pfam sin perder precisión usando el contexto de dominios!

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Búsqueda de predicciones

Busque entre nuestras predicciones de dominios en doce organismos (seis especies de Plasmodium [P. falciparum, P. vivax, P. knowlesi, P. chabaudi, P. berghei, P. yoelii], Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Saccaromyces cerevisiae, Escherichia coli, y Mycobacterium tuberculosis.), y vealos gráficamente, organizados por ortología. Busque usando el identificador (ID) de proteina, nombres y accesiones de dominio (Pfam, SMART, y Superfamily), o palabras clave.

Baje predicciones

Obtenga nuestras predicciones de dominios y términos GO en texto sencillo en los doce organismos prueba de nuestra publicación.

Búsqueda en secuencias

Esta forma ejecuta nuestra búsqueda dPUC por dominios de Pfam en sus secuencias de preferencia.

¡¡¡Fuera de servicio!!! Tendrá que bajar nuestro programa para predecir dominios en sus secuencias. Nos disculpamos por la inconveniencia.

Código fuente

Baje nuestro código fuente Perl, en un archivo tar compreso con gzip.

Cita

Alejandro Ochoa, Manuel Llinás, and Mona Singh. Using context to improve protein domain identification. BMC Bioinformatics 2011, 12:90. 2011-03-31. Pubmed Artículo

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